Aunque son necesarios más estudios, se ha propuesto la infección por Helicobacter pylori como causante del déficit de hierro. H.pylori produce gastritis crónica que reduce la secreción de ácido gástrico que es necesario para la absorción de hierro. Las personas con H.pylori muestran un pH intragástrico alto que conduce a déficit de hierro. Otras causas son el secuestro de hierro por H.pylori y la pérdida a través del tracto gastrointestinal debido a la lesión inflamatoria de la mucosa.